Единственият терминал на летище Ираклион изглежда остарял и през летния сезон е много претоварен. Въпреки това ориентацията не е трудна, а разстоянията от регистрацията до самолетите са кратки.
Терминалът е с един приземен етаж. По-голямата част от него е отделена за гишетата за регистрация и заминаващите, като само една по-малка част вляво обслужва пристигащите.
През летния сезон се подгответе за изключителен недостиг на места и опашки за сигурност до 40 минути.
Трансфер между полетите
Летище Ираклион не е трансферен хъб и поради това не разполага с възможност за директен трансфер през транзитната зона.
В случай че направите трансфер в Ираклион самостоятелно, трябва да излезете, да се регистрирате отново и да преминете отново през проверката за сигурност.