Малката църква, посветена на Йоан Кръстител, също е един от най-важните паметници в Несебър.

Тази църква има много необичайна архитектура в сравнение с другите религиозни сгради в града. Построена е по плана на кръст, а фасадата ѝ е направена от груб необработен камък.

Църквата "Йоан Кръстител" е една от най-старите запазени сгради и датира от XI век.